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Modelos de supercomputadora coronavirus – Noticias y comentarios sobre el médico naturista

Nodo Smith, ND

Los científicos están preparando un enorme modelo de computadora del coronavirus que esperan que proporcione información sobre cómo infecta el cuerpo. Tomaron sus primeros pasos, probando las primeras partes del modelo y optimizando el código en la supercomputadora de la Universidad de Texas Frontera en el Centro de Computación Avanzada de Texas (TACC) en Austin. El conocimiento obtenido del modelo completo puede ayudar a los investigadores a diseñar nuevos medicamentos y vacunas para combatir el coronavirus.

Rommie Amaro lidera los esfuerzos para construir el primer modelo atómico completo del coronavirus SARS-COV-2, su componente externo. "Si tenemos un buen modelo de cómo se ve el exterior de la partícula y cómo se comporta, tendremos una buena visión de los diferentes componentes involucrados en el reconocimiento molecular". El reconocimiento molecular se relaciona con la forma en que el virus interactúa con los receptores de la enzima convertidora de angiotensina (ACE2) 2 y posiblemente con otros objetivos dentro de la membrana de la célula huésped. Amaro es profesor de química y bioquímica en la Universidad de California en San Diego.

El modelo de coronavirus

Amaro predice que el modelo de coronavirus contiene alrededor de 200 millones de átomos, una hazaña desalentadora, ya que la interacción de cada átomo con el otro debe ser calculado El flujo de trabajo de su equipo adopta un enfoque de modelado híbrido o integrador.

"Estamos tratando de combinar los datos en diferentes resoluciones en un modelo coherente que pueda simularse en estructuras de clase como Frontera", dijo Amaro. “Básicamente comenzamos con los componentes individuales, donde sus estructuras se han resuelto con resolución atómica o cuasiatómica. Cada uno de estos componentes se pone en funcionamiento con cuidado y en un estado en el que son estables. Entonces podemos introducirlos en simulaciones de envoltura más grandes con moléculas vecinas. "

Amaro Lab realizó simulaciones de dinámica molecular en un máximo de 4,000 nudos

Del 12 al 13 de marzo de 2020, Amaro Lab realizó simulaciones de dinámica molecular de hasta 4,000 nudos, o alrededor de 250,000 núcleos de procesamiento, en Frontera. Frontera, la supercomputadora número 5 del mundo y la supercomputadora académica n. 1 según el ranking de noviembre de 2019 del Top 500, es el sistema informático de alto rendimiento líder en su clase respaldado por la National Science Foundation.

"Las simulaciones de ese tamaño solo son posibles en una máquina como Frontera o en una máquina posiblemente en el Departamento de Energía", dijo Amaro. "Inmediatamente contactamos con el equipo de Frontera y fueron muy amables al darnos el estado de prioridad para la evaluación comparativa y en un intento de optimizar el código para que estas simulaciones puedan realizarse de la manera más eficiente posible una vez que el sistema esté realmente en funcionamiento ". [19659010] " Sin duda es emocionante trabajar en un de estas nuevas máquinas. Hasta ahora nuestra experiencia ha sido muy positiva. Los puntos de referencia iniciales han sido realmente impresionantes para este sistema. Continuaremos optimizando los códigos para estos sistemas ultra grandes para que podamos lograr un rendimiento aún mejor. Diría que trabajar con el equipo de Frontera también fue fantástico. Están listos para ayudar y han sido extremadamente receptivos durante este período de tiempo crítico. Fue una experiencia muy positiva ", dijo Amaro.

" TACC se enorgullece de apoyar esta investigación crítica y revolucionaria ", dijo Dan Stanzione, director ejecutivo de TACC e investigador principal del proyecto de supercomputadora Frontera". Continuaremos apoyando las simulaciones de Amaro y otros trabajos importantes relacionados con la comprensión y la búsqueda de una forma de derrotar esta nueva amenaza ".

El trabajo de Amaro con el coronavirus se basa en su éxito con una simulación de átomos completos del # Sobre del virus de la influenza [19659005] El trabajo de Amaro con el coronavirus se basa en su éxito con una simulación de átomo completo de la envoltura del virus de la influenza, publicado en ACS Central Science, febrero de 2020. Dijo que el trabajo sobre la gripe tendrá un número significativo de similitudes con lo que el coronavirus está buscando ahora.

"Es una prueba brillante de nuestros métodos y nuestros tres habilidades para adaptarse a nuevos datos y hacer que funcionen de inmediato ", dijo Amaro. “Tomó un año o más construir el sobre viral de la gripe y ponerlo en funcionamiento en las supercomputadoras nacionales. Para la gripe, utilizamos la supercomputadora Blue Waters, que de alguna manera fue la predecesora de Frontera. Sin embargo, el trabajo con el coronavirus obviamente avanza a un ritmo mucho, mucho más rápido. Esto está habilitado, en parte debido al trabajo realizado previamente en Blue Waters. "

Amaro dijo:" Estas simulaciones nos proporcionarán nuevos conocimientos sobre las diferentes partes del coronavirus necesarias para la infectividad. Y la razón por la que nos preocupamos es porque si entendemos estas características diferentes, los científicos tienen una mejor oportunidad de diseñar nuevos medicamentos; para entender cómo funcionan los medicamentos actuales y las combinaciones potenciales de medicamentos La información que obtenemos de estas simulaciones es múltiple y multidimensional y será útil para los científicos de primera línea de forma inmediata e incluso a largo plazo. Espero que el público entienda que hay muchos componentes y aspectos diferentes de la ciencia que deben ser presionados para comprender este virus. Estas simulaciones en Frontera son solo uno de esos componentes, pero esperamos que sean importantes y útiles. "

1. Jacob D. Durrant, Sarah E. Kochanek, Lorenzo Casalino, Pek U. Ieong, Abigail C. Dommer, Rommie E. Amaro. Las simulaciones del virus de la influenza de átomo completo de Mesoscale sugieren una nuevo mecanismo de unión de sustrato ACS Central Science, 2020; 6 (2): 189 DOI: 10.1021 / acscentsci.9b01071


Node Smith, ND, es un médico naturista de Humboldt, Saskatchewan y editor asociado y director de educación continua para NDNR. Su misión es servir a las relaciones que apoyan el proceso de transformación y que finalmente conducen a personas, empresas y comunidades más saludables. Sus principales herramientas terapéuticas incluyen asesoramiento, homeopatía, dieta y uso de agua fría en combinación con Node considera la salud como un reflejo de las relaciones que una persona o compañía tiene consigo misma, con Dios y con quienes la rodean. Con el fin de curar enfermedades y sanar, estas relaciones debe ser específico seriamente considerado Node ha trabajado estrechamente con muchos grupos y organizaciones dentro de la profesión naturista y ayudó a fundar la asociación sin fines de lucro, Association for Naturopathic Revitalization (ANR), que trabaja para promover y facilitar la ; educación experiencial en vitalismo.

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